Het verenigingsbestuur van MKB-Amsterdam bestaat uit ruim twintig actieve ondernemers afkomstig uit verschillende bedrijven, ondernemersverenigingen en branches. Tevens zijn een vijftal grote bedrijven vertegenwoordigd via een geassocieerd bestuurslidmaatschap. Daarmee vormt het bestuur een goede afspiegeling van het zo gevarieerde Amsterdamse midden- en kleinbedrijf (bedrijven tot 250 werknemers)

Het bestuur kent een onafhankelijke voorzitter, Mark van der Horst. De overige bestuursleden zijn globaal onder te verdelen in vier sectoren:

·                 Zorg, welzijn, kunst & cultuur

·                 Zakelijke & financiële dienstverlening en ICT

·                 Industrie, bouw, groothandel en transport

·                 Detailhandel, winkelambacht en horeca

Het bestuur vergadert zes keer per jaar over de (groot)stedelijke beleidsonderwerpen en projecten. Op basis daarvan stelt het de standpunten en activiteiten van de vereniging vast. Eens per jaar, in november, vindt er een Algemene Ledenvergadering (ALV) plaats. Voor de dagelijkse gang van zaken is er een (adviserend) kernbestuur dat is samengesteld uit leden van het Algemeen Bestuur.
  

Industrie, bouw, groothandel en transport		Detailhandel, winkelambacht en horeca
Erik Fischer	(Food Center Amsterdam)	vacature	Horeca
Bart Lubbers	(Vereniging Amsterdam Zuidoost)	Willem Koster	Detailhandel
Peter Ophoff	(Bennink Klimaattechniek B.V.)	Miranda van Dinther	Horeca
Patrick Oostveen	(Food Center Amsterdam)

Zakelijke en financiële dienstverlening		Cultuur, zorg en welzijn
Rahma El Mouden	Facilitaire Dienstverlening	Hans Onno van den Berg	Vereniging van Schouwburg- en Concertgebouw-directies (VSCD)
Dirk Edens	Advocatuur	Loes Kluft	Loes Kluft Zorghoteladvies/Zomerdroom Hotels
Leonard den Hollander	Jong MKB-Amsterdam	Ad Looije	Impuls