Het verenigingsbestuur van MKB-Amsterdam bestaat uit ruim twintig actieve ondernemers afkomstig uit verschillende bedrijven, ondernemersverenigingen en branches. Tevens zijn een vijftal grote bedrijven vertegenwoordigd via een geassocieerd bestuurslidmaatschap. Daarmee vormt het bestuur een goede afspiegeling van het zo gevarieerde Amsterdamse midden- en kleinbedrijf (bedrijven tot 250 werknemers)

Het bestuur kent een onafhankelijke voorzitter, Mark van der Horst. De overige bestuursleden zijn globaal onder te verdelen in vier sectoren:

·                 Zorg, welzijn, kunst & cultuur

·                 Zakelijke & financiële dienstverlening en ICT

·                 Industrie, bouw, groothandel en transport

·                 Detailhandel, winkelambacht en horeca

Het bestuur vergadert zes keer per jaar over de (groot)stedelijke beleidsonderwerpen en projecten. Op basis daarvan stelt het de standpunten en activiteiten van de vereniging vast. Eens per jaar, in november, vindt er een Algemene Ledenvergadering (ALV) plaats. Voor de dagelijkse gang van zaken is er een (adviserend) kernbestuur dat is samengesteld uit leden van het Algemeen Bestuur.